纽约市的地铁上覆盖着微型比萨

  推算方法     |      2018-06-24

每天在纽约市内和周围运送数百万人的火车上,也挤满了成千上万的细菌物种——一群小到看不见的生命形式,包括淋巴腺鼠疫和炭疽热的痕迹。纽约威尔康奈尔医学院基因组学研究员克里斯·梅森说:“想想看,地铁是一个巨大的实验室,我们都在那里体验世界。”。在一个典型的工作日,超过550万人通过十字路口进入地下巨擘纽约市地铁系统。紧紧抓住它们的是表面世界的微小偷渡者。他们留下的基因回声成为地铁生态系统的一部分。

为了更清楚地了解这个生态系统是由什么组成的,梅森和他的团队着手绘制城市微生物群落的巨大地图。该小组利用尼龙棉签和手机,在纽约市466个地铁站的栏杆、垃圾桶、座椅和信息亭上发现了15,152种不同的生物。他们的发现本周发表在《细胞系统》杂志上。

研究小组还发现,在微观层面上,地铁里散落着剩菜——这是纽约人喜欢吃什么的证据。黄瓜颗粒是最常见的食物,还有泡菜、泡菜和鹰嘴豆的痕迹。与mozzarella奶酪相关的细菌覆盖了151个站点。香肠和意大利奶酪等比萨配料的痕迹随处可见。(华尔街日报将大部分数据转换成可点击的地图,让你可以通过地铁线路浏览这些发现。)

最常见的地铁细菌地图,土生土长的斯塔兹里假单胞菌。(克里斯梅森)。尽管梅森和他的团队也发现了与黑死病和炭疽热有关的有害细菌颗粒,但它们的含量非常低,对人类几乎没有危险。梅森说:「重要的事实是,我们发现的大多数细菌都是无害的。」更常见的是清除毒素和使地铁更干净的保护性细菌。他说:「他们代表着包围我们的一大群朋友。」

「最令人惊讶的是,我们发现的DNA中,几乎有一半与人类不匹配。」“我们以前从没见过它,我们不知道它是什么,直到现在。“

在该小组测序的100多亿个DNA片段中,约有50亿个片段下落不明。这并不是说这些DNA片段属于从未见过的生物。相反,它表明测序基因组文库仍有许多空架子。甲虫和苍蝇在这次抽样中最普遍的地方,蟑螂的证据并不存在——不是因为纽约没有爬行过它们(的确如此),而是因为科学家尚未对蟑螂基因组进行全面测序。梅森说,一旦有了这些信息,蟑螂在抽样中的表现就会更好。

他的团队下一个目标是简化实时移动抽取和排序过程。这样的系统可以让地铁乘客,如果他们真的想要的话,追踪他们旁边座位上的细菌和剩下的披萨颗粒。梅森说:「我们希望让这个城市对城市中存在的分子有更好的反应。」“有点未来派,但不太远。“